Να διαχωρίζει τη θέση του από την άποψη που εξέφρασε ο Αρχιεπίσκοπος Ιερώνυμος έσπευσε ο μητροπολίτης Μεσσηνίας Χρυσόστομος, όσον αφορά την βάπτιση των παιδιών ομόφυλων ζευγαριών.
Όπως είχε πει νωρίτερα ο προκαθήμενος της Ελλαδικής Εκκλησίας, «πρέπει να επιστρέψουμε ξανά στην παράδοση. Αν η βάπτιση γίνεται στη μικρή ηλικία των παιδιών, είναι διότι μέσα στην Εκκλησία είχε δημιουργηθεί η αίσθηση ότι το παιδί μεγαλώνει μέσα σε ένα περιβάλλον χριστιανικών αρχών.
Επομένως δεν χρειαζόταν κατήχηση, γιατί γινόταν εντός του περιβάλλοντος. Τώρα που αλλάζουν τα πράγματα, δεν είμαστε κατά των παιδιών. Τα παιδιά τα αγαπάμε και νοιαζόμαστε περισσότερο απ’ όλους τους άλλους. Η Εκκλησία θα περιμένει αυτά τα παιδιά να φτάσουν σε μία ηλικία και όταν μεγαλώσουν και επιθυμούν να βαπτιστούν θα βαπτιστούν».
Μιλώντας στον Ελεύθερο Τύπο ο μητροπολίτης Μεσσηνίας, είπε πως «η μη βάπτιση των συγκεκριμένων παιδιών αποτελεί ιδιάζον κανονικό επιτίμιο σε αυτά επειδή υιοθετήθηκαν από ομόφυλα ζευγάρια τα οποία αμαρτάνουν» Και προσθέτει ότι «η συμφωνία του παρισταμένου Αρχιεπισκόπου Αμερικής στο ίδιο θέμα αναιρείται από την έμπρακτη ενέργειά του, της βάπτισης δηλαδή νηπίων παιδιών υιοθετημένων από ομόφυλα ζευγάρια, στη Γλυφάδα».
Θα πρέπει να σημειωθεί ότι σε πρόσφατη συνέντευξή του ο Μητροπολίτης Μεσσηνίας είχε επισημάνει ότι «κανένας δεν μπορεί να αποκλειστεί από το μυστήριο του βαπτίσματος. Το πρόβλημα για την Εκκλησία δεν είναι να εκδικηθεί αυτούς οι οποίοι κάνουν αυτή τη μορφή γάμου που επιλέγουν. Το θέμα για την Εκκλησία είναι ότι δεν μπορεί να αποδεχθεί μια τέτοια μορφή σχέσεως, γαμικής έξω από τον παραδοσιακό γάμο».