Μετά τις ποινικές διώξεις στο ΤΕΙ Θεσσαλονίκης για την κακοδιαχείριση του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας (ΕΛΚΕ), σειρά πήρε το Πανεπιστήμιο Μακεδονίας. Με παραγγελία του εισαγγελέα εγκλημάτων διαφθοράς Αχιλλέα Ζήση, ασκήθηκε ποινική δίωξη εις βάρος 9 ατόμων που διατέλεσαν πρόεδροι - αντιπρόεδροι του ΕΛΚΕ και πρυτάνεις στο πανεπιστημιακό ίδρυμα, από το 2000 έως τον Δεκέμβριο 2014.
Κατηγορούνται για κακουργηματική «απιστία» και για «συνέργεια» στο προηγούμενο αδίκημα, αντίστοιχα. Από την έρευνα του ΣΔΟΕ, προέκυψε ότι 35-40 καθηγητές, πλήρους και αποκλειστικής απασχόλησης, που εργάζονται παράλληλα και ως ελεύθεροι επαγγελματίες, δεν απέδιδαν το νόμιμο ποσοστό (15%- 7%) στον ΕΛΚΕ του ΠΑΜΑΚ, επί μια 15ετία.
Τα προεδρεία του ΕΛΚΕ και οι πρυτάνεις του πανεπιστημίου Μακεδονίας, για την επίδικη χρονική περίοδο, φέρονται ότι προκάλεσαν οικονομική ζημιά 640.000 ευρώ επειδή δεν ζήτησαν να πάρουν πίσω αυτά τα χρήματα, είτε προσφεύγοντας στα δικαστήρια είτε αποστέλλοντας εξώδικα στους οφειλέτες καθηγητές.
Και η δεύτερη ποινική δίωξη εντάσσεται στο πλαίσιο ευρύτερης προκαταρκτικής εξέτασης που αφορά και τα τρία πανεπιστημιακά ιδρύματα της Θεσσαλονίκης. Απομένει να ολοκληρωθεί το σκέλος που αφορά στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο. Από την έρευνα του ΣΔΟΕ προέκυψε ότι στο ΑΠΘ συνολικά 1300 ακαδημαϊκοί- ελεύθεροι επαγγελματίες δεν απέδωσαν το ποσοστό στον ΕΛΚΕ, οφείλοντας συνολικά 36 εκατ. ευρώ.