Την σκληρή γερμανική κατοχή στη Θεσσαλονίκη και την υπόλοιπη Μακεδονία ακολούθησε ο εξίσου σκληρός αδελφοκτόνος εμφύλιος, που επηρέασε τόσο την καθημερινότητα των ανθρώπων, όσο και την οικονομική και κοινωνική ζωή της περιοχής.
Σύμφωνα με τα στοιχεία που υπάρχουν στο λεύκωμα για τα πρώτα 100 χρόνια του Συνδέσμου Βιομηχανιών Βορείου Ελλάδος ο εμφύλιος είχε καταστρεπτικές συνέπειες για τη βιοµηχανία. Είναι χαρακτηριστικό και αποκαλυπτικό το απόσπασμα της ομιλίας του προέδρου του Συνδέσμου Κ. Κύρτση το Μάρτιο του 1948: «Ο ανταρτικός πόλεµος διά της διασαλεύσεως της τάξεως εις την ύπαιθρον, τας δυσχερείας των συγκοινωνιών εις τας βορείας ιδίως επαρχίας και της καταστροφής δεκάδων χωρίων, συνετέλεσεν εις την ελάττωσιν της παραγωγής εις ωρισµένους ιδίως κλάδους της µακεδονικής βιοµηχανίας. Εκ των βιοµηχανιών αυτών επλήγησαν ολιγώτερον αι βιοµηχανίαι τροφίµων και περισσότερον η σιδηροβιοµηχανία, η κλωστοϋφαντουργία, η βιοµηχανία δέρµατος κ.ά. (...) Η χαµηλή παραγωγικότης της κλωστοϋφαντουργίας κατά τούτο έχει µεγάλην σηµασίαν διά την Μακεδονίαν, διότι αύτη αντιπροσωπεύει το ήµισυ και πλέον της βιοµηχανικής παραγωγής, απασχολεί τον µεγαλύτερον αριθµόν εργατών και εις παγίας εγκαταστάσεις υπερβαίνει την αξίαν όλων των βιοµηχανιών οµού. Η βιοµηχανία τροφίµων ευρίσκεται εις καλυτέραν θέσιν, εξαιρουµένης της βιοµηχανίας σοκολάτας και φυραµατοποιίας, η πρώτη δι’ έλλειψιν πρώτης ύλης και η δευτέρα κατόπιν της εισαγωγής 10.000 τόνων ζυµαρικών εκ του εξωτερικού».
Η αλήθεια είναι ότι από το 1946 άρχισε να σημειώνεται κάποια πολύ μικρή πρόοδος έναντι της κατοχικής περιόδου, αλλά μέχρι το 1950 η βιοµηχανία της Μακεδονίας εξακολουθούσε να απέχει πολύ από την προπολεµική παραγωγή.
Εκτός από αυτό οι βιομηχανίες της εποχής –άρα και ο Σύνδεσμος- είχαν ακόμη να «αντιμετωπίσουν» ζητήματα που υπήρχαν και πριν τον πόλεμο, κυρίως την υπερβολική δηµοτική φορολογία και τις αναιµικές τραπεζικές πιστώσεις. Επίσης τα εργασιακά θέµατα διατήρησαν την οξύτητά τους, ενώ η ανεπάρκεια των καυσίµων και των πρώτων υλών παρέµειναν στο επίκεντρο του ενδιαφέροντος.
Εκείνη της εποχή –στα τέλη της δεκαετίας του 1940- ο Σύνδεσμος συνεργάστηκε με τους αντίστοιχους Συνδέσμους της Πάτρας και της Σύρου. Τότε δημιουργήθηκε ο όρος «επαρχιακή βιομηχανία» για να υποδηλώσει την ταύτιση συµφερόντων ανάµεσα στους συνδέσµους βιοµηχάνων διαφόρων περιοχών της χώρας, εκτός της Αττικοβοιωτίας. Το βασικό επιχείρηµα υπέρ της προστασίας της επαρχιακής βιοµηχανίας σε αυτό το αρχικό στάδιο δεν ήταν τόσο ότι συγκεκριµένες περιοχές ζηµίωναν προς όφελος του κέντρου, αλλά «η προφανής ζηµία της εθνικής οικονοµίας και της κοινωνικής ισορροπίας λόγω της οικονοµικής απογυµνώσεως των επαρχιών».
Χωρίς πρώτες ύλες
Το πιο καθαρό παράδειγµα της «απογυµνώσεως» των τοπικών βιοµηχανιών αφορούσε την κατανοµή των πρώτων υλών, καθώς τη µερίδα του λέοντος ελάµβανε η βιοµηχανία του κέντρου. Η αναλογία των πρώτων υλών τις οποίες είχε ανάγκη η βιοµηχανία του Βορρά κυµαινόταν, ανάλογα µε την κατηγορία, από 5% ως 28% του πανελλαδικού συνόλου. Καµία κατηγορία, όμως, δεν πλησίασε καν αυτό το ποσοστό. Ο Σύνδεσµος συγκέντρωσε, κατά την συνήθη τακτική του, επαρκή στατιστικά στοιχεία για κάθε κατηγορία, τα οποία είχε την ευκαιρία να θέσει υπόψη του υπουργού Εθνικής Οικονοµίας το Φεβρουάριο 1948. Τα 90 από τα 140 µέλη του Συνδέσµου χρησιµοποιούσαν καύσιµη ύλη (κυρίως πετρέλαιο) για την κίνηση των εργοστασίων, ενώ ηλεκτρισµό χρησιµοποιούσαν κυρίως η σιδηροβιοµηχανία, η καλτσοποιία και τα υφαντήρια. Τη µεγαλύτερη κατανάλωση πετρελαίου έκανε η βιοµηχανία ζύθου, ψύχους και οινοπνευµάτων. Ο εφοδιασµός µε πετρέλαιο παρουσίαζε πολλά προβλήµατα. Καταρχάς δεν υπήρχαν επαρκείς αποθήκες. Μόλις το 1948 άρχισαν οι διαδικασίες απαλλοτριώσεων για την κατασκευή τους. Επίσης, το ∆εκέµβριο του 1947 οι πετρελαιοσωλήνες της Μεσογείου υπέστησαν βλάβη και η µεταφορά του πετρελαίου γινόταν µε µεγάλα πλοία από τον Περσικό Κόλπο. Τα πλοία αυτά ελλείψει επαρκούς µεγέθους αποθηκών δεν µπορούσαν να εκφορτώσουν στη Θεσσαλονίκη. Πλοία 15.000 τόνων εκφόρτωναν στη Λέρο ή στον Πειραιά και η µεταφορά στη Θεσσαλονίκη γινόταν µε µικρά πλοία 1.000 ή 1.500 τόνων, ποσότητα που δεν επαρκούσε ούτε για τις ανάγκες ενός µήνα της τοπικής βιοµηχανίας.
Μικρές πιστώσεις
Το κύριο χαρακτηριστικό στην πιστοδότηση των βιοµηχανικών επιχειρήσεων της Βόρειας Ελλάδας στην τριετία 1945 - 47 ήταν η λιλιπούτεια αναλογία τους στο σύνολο των βιοµηχανικών χρηµατοδοτήσεων. Ενώ η Βόρεια Ελλάδα διέθετε το ένα τέταρτο της παραγωγικής δυναµικότητας της ελληνικής βιοµηχανίας, η συµµετοχή της στις τραπεζικές πιστώσεις κυµάνθηκε από 0,75% - 2,50%!
Αξίζει να σημειωθεί ότι από το σύνολο των δανείων που έλαβαν οι βιοµηχανίες της Β. Ελλάδας είχαν αποπληρώσει το 98,5%, δηλαδή ήταν συνεπέστατες στην πληρωµή των οφειλών τους. Πρόκειται για βραχυπρόθεσµες πιστώσεις, συνήθως τριών µηνών. Την ίδια στιγμή, σύμφωνα με την τότε κυβέρνηση, η συνέπεια των δανειοληπτών στη Νότια Ελλάδα δεν ήταν μεγάλη.
Οι βραχυπρόθεσµες χρηµατοδοτήσεις ρυθµίστηκαν τον Ιούνιο του 1948, όταν η Νοµισµατική Επιτροπή επισκέφθηκε τη Θεσσαλονίκη για να εξετάσει επί τόπου τα ζητήµατα χρηµατοδότησης. Καθορίστηκε τότε ότι τα χρηµατοδοτικά αιτήµατα της Βόρειας Ελλάδας θα υποβάλλονταν στην υποεπιτροπή Θεσσαλονίκης. Σε περίπτωση έγκρισης θα καταβαλλόταν το 50% του ποσού και ο φάκελος θα διαβιβαζόταν στην Αθήνα για την τελική έγκριση. Επίσης, η Νοµισµατική Επιτροπή δέχθηκε να χρηµατοδοτήσει µε 2 δισεκατοµµύρια δραχμές τις κατηγορίες βιοµηχανιών που δεν χρηµατοδοτούνταν, όπως υφαντήρια και πλεκτήρια (όχι όµως µεταξωτά και ρεγιόν) για την αγορά πρώτων υλών από το εξωτερικό. Κατ’ εξαίρεση, επίσης, χρηµατοδοτήθηκαν τα σαπωνοποιεία της Μακεδονίας για την αγορά πυρηνελαίου.
Στα τέλη Μαΐου 1949 αντιπροσωπεία του Συνδέσµου βρέθηκε στην Αθήνα και συναντήθηκε µε εκπροσώπους της αµερικανικής βοήθειας και του Υπουργείου Εθνικής Οικονοµίας. Εκεί πληροφορήθηκε ότι το µεγαλύτερο µέρος των µακροπρόθεσµων δανείων του Σχεδίου Μάρσαλ είχε «εξαντληθεί, διατεθέντων κατά το πλείστον διά νέας βιοµηχανίας και εις κλάδους βιοµηχανίας οι οποίοι δεν υπάρχουν εν Μακεδονία».