Με το υπ' αριθμόν 1373 βούλευμά του το Συμβουλίου Πλημμελειοδικών Θεσσαλονίκης απαλλάσσει τον ευρωβουλευτή Θόδωρο Ζαγοράκη σχετικά με τις ατασθαλίες που διαπιστώθηκαν στο ταμείο της ΠΑΕ ΠΑΟΚ.
Το κατηγορητήριο έκανε λόγο για αδιαφανείς διαδικασίες στην οικονομική διαχείριση της Ποδοσφαιρικής Ανώνυμης Εταιρείας, κατά τη διάρκεια της προεδρίας του από τον Ιούνιο 2007 έως τον Ιανουάριο 2012, καθώς επίσης κι ένα θολό τοπίο στο καθεστώς χρηματικής διευκόλυνσης του (τότε) αντιπροέδρου του Δικεφάλου Ηλία Βιολίδη.
Ο τελευταίος είχει ήδη παραπεμφθεί να δικαστεί σε Τριμελές Εφετείου Κακουργημάτων Θεσσαλονίκης για «απιστία και υπεξαίρεση από κοινού», με άλλο βούλευμα το οποίο είχε αναστείλει την ποινική δίωξη εις βάρος του Θ. Ζαγοράκη «έως ότου χορηγηθεί άδεια από το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο». Η βουλευτική ασυλία ήρθη και η ανάκριση προχώρησε και για τον ευρωβουλευτή. Η αρμόδια εισαγγελέας όμως πρότεινε την απαλλαγή Ζαγοράκη, κρίνοντας ότι δεν υπάρχουν ενδείξεις ενοχής εις βάρος του ενώ ζήτησε να συνεχιστεί η ανάκριση.
Τελικά, το Συμβούλιο Πλημμελειοδικών Θεσσαλονίκης αποφάσισε «να μην γίνει κατηγορία» σε βάρος του Θόδωρου Ζαγοράκη για «απιστία κατ' εξακολούθηση από κοινού και κατά μόνας» και για «υπεξαίρεση κατ' εξακολούθηση από κοινού», κατά το χρονικό διάστημα από 26 Ιουνίου 2007 έως 26 Ιανουαρίου 2012. Επίσης, κατάργησε τη διάταξη της ανακρίτριας για την καταβολή χρηματικής εγγύησης 5000 ευρώ από τον κατηγορούμενο διατάσσοντας την επιστροφή των χρημάτων που πλήρωσε ο Θ. Ζαγοράκης, ως εγγύηση.
Σε βάρος των δύο πρώην ισχυρών ανδρών του ΠΑΟΚ ασκήθηκε ποινική δίωξη για υπεξαίρεση και απιστία, σε βαθμό κακουργήματος, ενώ, τον Ιανουάριο 2014, μετά την απολογία τους σε ανακριτή αφέθηκαν ελεύθεροι, με περιοριστικό όρο την καταβολή 5000 ευρώ ως εγγύηση. Η δίωξη βασίστηκε στη έκθεση ορκωτών λογιστών που πραγματοποίησαν έλεγχο στα οικονομικά του ΠΑΕ και στην μετέπειτα εξονυχιστική έρευνα του ΣΔΟΕ που διαβίβασε το επιβαρυντικό πόρισμα του στην Εισαγγελία Πρωτοδικών Θεσσαλονίκης.